I controller per dischi SATA si possono configurare per lavorare in diverse modalità: emulazione IDE (lo standard della vecchia versione dell'interfaccia ATA, più nota come PATA), AHCI (che consente di utilizzare alcune funzionalità avanzate come hot swapping e NCQ) e RAID (per usare un gruppo di dischi come se fossero una sola unità).
I sistemi operativi Microsoft, a partire da Windows Vista (quindi anche Windows 7 e Windows 8.x) supportano in modo nativo la modalità AHCI. La scelta della modalità di lavoro dei controller andrebbe impostata nel BIOS/UEFI prima di installare il sistema operativo, tuttavia non sempre ciò accade e a volte si ha la necessità di cambiarla. Un caso frequente è quando si passa dalla modalità IDE-compatibile a quella AHCI perché si cambia il sistema operativo (per esempio, da Windows XP a Windows 7).
